樣品制備
酶細胞化學的一個重要問題是既要保存好細胞內酶的活性，又要保存好細胞的結構，因此選擇適當的固定劑種類、濃度、固定的方式和時間是細胞化學技術的一個關鍵問題。光鏡樣品固定多選用中性福爾馬林或多聚甲醛,4℃、24小時，常規的石蠟包埋切片可以滿足相當一部分酶的細胞化學要求；電鏡樣品固定通常用0.5～2%戊二醛或4%多聚甲醛,4℃、2小時，再切成5～100μm的厚片用于細胞化學反應，反應后經常規的鋨酸后固定，脫水、包埋、超薄切片、至電鏡下觀察。冷凍切片能較大限度地保存酶的活性，因此是光、電鏡酶細胞化學技術中常用的方法。
酶細胞化學反應
酶細胞化學反應實際上就是孵育反應的過程，孵育液的成分主要有酶的底物、捕捉劑，保證孵育液pH的緩沖液以及有關的添加劑等。孵育的溫度和時間可根據不同的酶和組織通過實驗而確定。電鏡酶細胞化學的樣品在孵育反應后需經鋨酸后固定、梯度乙醇脫水、環氧樹脂包埋和超薄切片，至電鏡下觀察。