多于生后3個月內開始感染病毒、霉菌、原蟲和細菌，而反復發生肺炎、慢性腹瀉、口腔與皮膚念珠菌感染及中耳炎等。病兒生長發育障礙。體檢一般不見淺表淋巴結和扁桃體。胸部X線檢查不見嬰兒胸腺陰影。若給患兒接種牛痘疫苗或服用脊髓灰質炎疫苗，會引起致死性牛痘病和脊髓灰質炎。此外，給患兒輸入含免疫活性淋巴細胞的全血，會發生移植物-抗宿主病。網狀組織發育不全是SCID的最嚴重型，其特點是雙系統免疫缺陷與嚴重粒細胞缺乏。大多因鏈球菌膿毒血癥而于生后1周內死亡。SCID還可伴發骨發育不全而導致短肢侏儒，并有毛發早脫、紅皮病和魚鱗癬等損害。
伴腺苷脫氫酶（ADA）缺乏的SCID為常染色體隱性遺傳，臨床表現與普通SCID相似，但骨損害較多，常累及肋軟骨連接處、脊椎、骨盆和肩胛骨。