鑒別診斷
1)發熱 與其它急性發熱性疾患鑒別的有：流感、上呼吸道感染、傷寒、瘧疾、急性血吸蟲病、恙蟲病、肺炎、流行性出血熱等。除依靠臨床特點外，流行病學史往往對鑒別診斷提供線索，尿檢查的不正常結果以及氮血癥的出現對鑒別診斷常可提供重要依據。
2)黃疸應與黃疸型肝炎鑒別。一般情況下黃疸型肝炎起病緩慢，體溫正常或僅有低熱，白細胞計數多偏低或正常，血沉不增快，而本病則相反。至于阻塞性黃疸，一般無急性傳染性熱性疾病的發病經過，不難加以鑒別。在與黃疸性疾患鑒別時，尿常規以及血非蛋白氮檢查往往有助。本病的黃疸患者多伴有腎臟改變，而其它黃疸患者則較少有。
3)腎炎有腎損害而無黃疸的鉤端螺旋體病患者需與腎炎相鑒別。其鑒別要點為本病具有急性傳染性熱性發病過程，有結膜充血征，肌疼明顯，血壓一般正常，無浮腫等。
4)肌疼有時需與急性風濕熱相鑒別。急性風濕熱的疼痛多為游走性，并在關節附近明顯，而本病則以肌痛為主，且以腓腸肌為著。
5)出血從周圍血象及骨髓細胞檢查可以與出血性血液病如白血病、血小板減少性紫瘢及再生不良性貧血鑒別。其它出血性敗血癥病程一般較兇險，死亡率高，從流行病學可加以鑒別。
6)腦膜腦炎腦膜腦炎型鉤端螺旋體病與流行性乙型腦炎都在夏、秋季流行，常可混淆。乙型腦炎多見于兒童，病情較兇險，抽搐、昏迷等腦癥狀一般比本病明顯，無明顯結膜充血及腓腸肌壓疼等體征。白細胞總數較高，尿檢查多無改變，無接觸疫水歷史。
并發癥
本病的并發癥以眼部并發癥和遠期神經系統的并發癥為突出。
眼部的并發癥以葡萄膜炎為主，其中多為前部葡萄膜炎(虹膜睫狀體炎)，常出現玻璃體混濁，虹膜表面有白色沉著物。其次為視網膜及視神經等改變，還有一些患者并有鞏膜、瞳孔、眼肌的改變。多數在病期2～8周內出現。絕大多數預后良好，也有少數遷延時間較長或復發的。
從患者的前房液及實驗動物的眼組織分離出鉤端螺旋體的事實說明，眼部病變的發病很可能由于病原體本身及其毒素直接引起，同時也應考慮到并存過敏反應的可能。
神經系統的并發癥表現為晚期腦病。患者在急性期后可出現持續性頭痛、頭昏或肢體麻木等癥狀，在病后2～5月出現中樞性肢體癱瘓及運動性語言障礙為主的神經系統癥狀，部分患者也可能出現精神癥狀。目前認為，晚期腦病并發癥可能由于過敏反應引起的腦血管管腔狹窄或閉塞性病變，進而造成腦組織供血障礙所致。