本病應與下列疾病鑒別。
（一）其他腎小球腎炎所表現的急性腎炎綜合征無論是原發或繼發腎小球腎炎，在上呼吸道感染后都可誘發其活動性，出現急性腎炎綜合征的癥狀，應與鏈球菌感染后的腎小球腎炎鑒別。非鏈球菌感染后的腎小球腎炎包括感染后心內膜炎、分流性腎炎、敗血癥、肺炎球菌性肺炎、傷寒、二期梅毒、腦膜炎球菌血癥，病毒和寄生蟲感染后腎小球腎炎。繼發性者包括多系統疾病：系統性紅斑狼瘡、血管炎、過敏性紫癜等。可呈現急性腎炎綜合征特征的非腎小球疾病主要包括血栓性血小板減少性紫癜、溶血性尿毒綜合征、動脈硬化栓塞性腎病和急性過敏性間質性腎炎。繼發性者常有其他系統癥狀，有疑難時可做腎活組織檢查，可能對診斷有幫助。
（二）少數鏈球菌感染后腎小球腎炎 表現為腎病綜合征，應與其他腎病綜合征鑒別。
（三）急進性腎小球腎炎 急進性腎小球腎炎起病常和急性腎小球腎炎相似，然而治療及預后均不同，故對癥狀嚴重、病情急劇惡化者要高度警惕，需要時做腎活檢以明確診斷。