Touchdown PCR是指每隔一個循環降低1°C反應退火溫度，直至達到“Touchdown”退火溫度，然后以此退火溫度進行10個左右的循環。該方法最初出現是為了避開確定最佳退火溫度而進行的復雜的反應優化過程。正確和非正確退火溫度之間的任何差異將造成每個循環PCR產物量的兩倍差異（每攝氏度造成4倍差異）。因此相對于非正確產物，正確的產物可以得到富集該方法的另一個應用是在確定已知序列肽的DNA序列。
具體過程如下：使用兩套與已知序列肽兩末端可能配對的簡并引物，這只需要知道一段長為13個氨基酸的肽段序列，5’和3’引物各長18個堿基（6個氨基酸），兩者之間有一個堿基以上的間隔。使用簡并引物即可以進行“Touchdown PCR”。由這種方法將獲得大量的產物，但因為由肽序列可以知道引物之間的確切距離，所以可以根據產物的大小來選擇所需要的產物。該方法的優點在于可以富集引物與模板正確配對的產物。如果克隆和測需一打PCR產物，將可以確定肽的正確編碼序列，設計進行雜交的寡核苷酸等。該技術特別適用于由Ser，Lys和Arg（每個有6個密碼子）構成的多肽。