有些細菌體內含有限制酶，可將雙股DNA切斷，之后其他的內切酶再將切下的片段降解，因此能將入侵的外來DNA摧毀；
有些病毒則演化出對抗此系統的機制，它們的DNA經過了甲基化或糖基化的修飾，可阻礙限制酶的作用；
另外還有一些病毒，如T3及T7噬菌體，則合成出一些可抑制限制酶的蛋白質；
而為了進一步對抗病毒，有些細菌演化出專門辨識并切割已修飾DNA的限制系統。
