一類是由于限制性內切酶位點上發生了單個堿基突變而使這一限制性位點發生丟失或獲得而產生的多態性，故稱之為點多態性（point polymorphism ）。這類多態性實際上是雙態的，即有（+ ）或無（- ）。
另一類是由于DNA 分子內部發生較大的順序變化所致。
這一類多態性又可以分成兩類：
第一類是由于DNA 順序上發生突變如缺失、重復、插入所致。
第二類是近年發現的所謂“高變區”。
高變區（highly variable region ），是由多個串聯重復順序組成的，不同的個體高變區內所串聯重復的拷貝數相差懸殊，因而高變區的長度變化很大，從而使高變區兩側限制性內切酶識別位點的固定位置隨高變區的大小而發生相對位移。所以這一類型的RFLP 是由于高變區內串聯重復順序的拷貝數不同所產生的，其突出特征是限制性內切酶識別位點本身的堿基沒有發生改變，改變的只是它在基因組中的相對位置。實際上，在DNA 順序中，存在著大量的單個堿基的替換，但用通常所用的技術只能檢測出影響到限制性內切酶識別位點上的突變。