限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism,RF LP )簡稱PCR-RFLP 分析。它主要是設計適當的擴增引物，使擴增片段包括一個或數個多態性的限制性內切酶識別序列，在PCR 擴增后用該限制酶切割PCR 產物，根據電泳后酶切(Amp-FLP) 對VNTR.STR 等重復序列，因重復單位數目的不同而呈現高度多態。因此利用重復序列兩側的特異性引物進行PCR 擴增，所得擴增片段具有高度多態性，這些不同長度的等位片段可用PAGE 分離。 [1]
限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism，縮寫RFLP) 技術的原理是檢測DNA在限制性內切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。因此凡是可以引起酶切位點變異的突變如點突變（新產生和去除酶切位點）和 一段DNA的重新組織（如插入和缺失造成酶切位點間的長度發生變化）等均可導致RFLP的產生。