隱匿性腎小球腎炎無明顯并發癥。如果臨床表現為血尿伴蛋白尿，常是腎小球疾病的典型表現，也常見于非靜止性(進展性)腎小球疾病。由于其不伴有高血壓、水腫及腎功能減退，一般臨床癥狀較輕故無明顯并發癥。
另外，無癥狀性血尿和蛋白尿可長期持續不變，如果是某種疾病的早期表現，會隨疾病進展出現其原發疾病的臨床表現。此時就不宜再診斷為隱匿性腎小球腎炎，而應診斷為相應的疾病，如腎小球輕微病變、輕度系膜增生性腎炎、局灶增生性腎炎、IgA腎病及早期膜性腎病等。
