1.病原學檢查
（1）墨汁染色法 是迅速、簡便、可靠的方法，根據受損部位不同取所需檢查的新鮮標本，如腦脊液、痰液、病灶組織或滲液等，置于玻片上，加墨汁1滴，覆以蓋玻片，在顯微鏡暗視野下找隱球菌，可見圓形菌體，外軸有一圈透明的肥厚莢膜，內有反光孢子，但無菌絲。反復多次查找陽性率高，腦脊液應離心后取沉淀涂片。
（2）真菌培養 取標本少許置于沙氏培養基中，在室溫或37℃培養3～4天可見菌落長出。
2.血清學檢查
由于患者血清中可測到的抗體不多，因此檢測抗體陽性率不高，特異性不強，僅作輔導診斷。通常檢測新型隱球菌莢膜多糖體抗原，以乳膠凝集試驗靈敏而特異，且有估計預后和療效的作用。
3.病理學檢查
視病期及受累器官而異。在腦組織內可以無組織反應而僅見膠樣黏液性水腫。腦膜呈慢性、非特異性化膿性炎癥反應，伴大量淋巴細胞及漿細胞浸潤。慢性病灶中可見結核性肉芽腫樣表現。組織內可見菌體。皮膚黏膜隱球菌病有兩型損害病變：
（1）膠質性損害 組織反應小，局部有大量菌體聚集。
（2）肉芽腫性損害 可有明顯組織反應，包括組織細胞、巨噬細胞、淋巴細胞及成纖維細胞浸潤，可有壞死區。