1．mRNA的3′-末端有一段含30~200個核苷酸殘基組成的多聚腺苷酸（polyA）。此段polyA不是直接從DNA轉錄而來，而是轉錄后逐個添加上去的。有人把polyA稱為mRNA的“靴”。原核生物一般無polyA的結構。此結構與mRNA由胞核轉位胞質及維持mRNA的結構穩定有關，它的長度決定mRNA的半衰期。
2．mRNA的5′-末端有一個7-甲基鳥嘌呤核苷三磷酸（m7Gppp）的“帽”式結構。此結構在蛋白質的生物合成過程中可促進核蛋白體與mRNA的結合，加速翻譯起始速度，并增強mRNA的穩定性，防止mRNA從頭水解。
在細胞核內合成的mRNA初級產物被稱為不均一核RNA（hnRNA）,它們在核內迅速被加工、剪接成為成熟的mRNA并透出核膜到細胞質。