（一）強制性檢驗
檢驗范圍：對裝運出口易腐爛變質食品、冷凍品的集裝箱，在裝運前實施清潔、衛生、冷藏效能、密固狀況等適載性檢驗。
檢驗內容：箱體、箱門完好，箱號清晰，安全銘牌齊全；箱體無有毒有害危險品標志；箱內清潔、衛生、無有毒有害殘留物，且風雨密狀況良好；箱內溫度達到冷藏要求，符合《商檢法》及其實施條例的規定。
（二）非強制性檢驗鑒定
包括：集裝箱載損鑒定、集裝箱貨物的裝箱鑒定、集裝箱貨物的拆箱鑒定、集裝箱承租鑒定、集裝箱退租鑒定、集裝箱的單項鑒定。
（三）集裝箱檢疫
主要是檢查集裝箱是否來自疫區；是否被人類傳染病和動物傳染病病原體污染；是否帶有植物危險性病、蟲、雜草以及其它有害生物；有無嚙齒動物、蚊、蠅、蟑螂等病媒生物；是否被有毒有害物質污染；是否清潔；是否帶有土壤、動植物殘留物；有無廢舊物品、特殊物品、尸體、棺柩等；并按規定實施衛生除害處理。
國家質檢總局第17號令《進出境集裝箱檢驗檢疫管理辦法》規定了集裝箱檢疫范圍：
1．對裝載出境植物、動植物產品和其他檢疫物的出境集裝箱，實施動植物檢疫。
2．所有入出境的集裝箱，都應向檢驗檢疫機構申報，實施衛生檢疫。
3．凡裝載動植物、動植物產品和其他檢疫物的入境（含過境）集裝箱。
4．來自動植物疫區的集裝箱（含空箱和重箱）應實施動植物檢疫。
5．箱內帶有植物性包裝物或鋪墊物的入境集裝箱。