一般治療：注意休息、禁食，腹痛、便血和發熱期應完全臥床休息和禁食。直至嘔吐停止，便血減少，腹痛減輕時方可進流質飲食，以后逐漸加量。禁食期間應靜脈輸入高營養液，如10%葡萄糖、復方氨基酸和水解蛋白等。過早攝食可能導致疾病復發，但過遲恢復進食又可能影響營養狀況，延遲康復。腹脹和嘔吐嚴重者可做胃腸減壓。腹痛可給予解痙劑。
糾正水電解質紊亂：急性出血性腸炎失水、失鈉和失鉀者較多見。可根據病情酌定輸液總量和成分。兒童每日補液量80～100ml/kg，成人2000～3000ml/天，其中5%～10%葡萄糖液占2/3～3/4，生理鹽水占1/4～1/3，并加適量氯化鉀。
抗休克：迅速補充有效循環血容量。除補充晶體溶液外，應適當輸血漿、新鮮全血或人體血清白蛋白等膠體液。血壓不升者可配合血管活性藥物治療，如α-受體阻滯劑、β-受體興奮劑或山莨菪堿等均可酌情選用。
抗生素：控制腸道內感染可減輕臨床癥狀，常用的抗生素包括氨基芐青霉素、氯霉素、慶大霉素、卡那霉素、舒氨西林、復達欣或多粘菌素和頭孢菌素等，一般選兩種聯合應用。
腎上腺皮質激素：可減輕中毒癥狀，抑制過敏反應，對糾正休克也有幫助，但有加重腸出血和促發腸穿孔的危險。
對癥療法：嚴重腹痛者可予度冷丁；高熱、煩躁者可給予吸氧、解熱藥、鎮靜藥或予物理降溫。