隨著非洲豬瘟(ASF)的來襲,國內熒光定量PCR實驗室如雨后春筍般地快速發展。熒光定量PCR方法已成為ASF防控過程中最常見的手段。我們通過調查發現:隨著檢測量的增加,各實驗室的環境污染問題日益突出。2019年初,仇華吉研究員多次在國內ASF防控會議上,從專家的角度呼吁大家在做ASF檢測和監測時,務必要防止實驗室本身所造成的污染問題。
自此,如何建立實驗室,如何防止實驗室的污染問題也逐漸引起了大家的關注和重視!我們通過與諸多實驗室共同地努力和不斷地優化,逐步建立了一套熒光定量PCR實驗室的環境污染監控和處理方法,分享給同行,供大家參考。
關鍵詞:PCR實驗室 環境污染 監控系統
SOP熒光定量PCR技術在國內獸醫體系的大量應用,多半是為了防控非洲豬瘟(ASF)。所以很多實驗室都是為了應對ASF疫情而倉促上馬的,設計不合理、運行不規范,經常會出現實驗室污染問題;而這些問題往往未能得到足夠的重視,導致出現“陰性對照不成立、甚至出現假陽性”的錯誤結果。為有效地控制PCR實驗室污染,我們通過對實驗室的設計和布局、實驗室環境污染監控體系的建立以及相關問題的處置、人員的培訓等方面來提高PCR實驗室檢測水平。
1.實驗室的設計和布局
1.1 關于PCR實驗室的設計和布局
PCR實驗室設計的科學與合理是保證實驗結果準確的必備條件。我們常見一些實驗室由于在設計上的缺陷,導致實驗室的環境污染難以去除,甚至不能再進行PCR檢測或不愿意使用高敏感的試劑盒來檢測(“鴕鳥策略”)!
標準化的 PCR 實驗室設計最主要考慮的兩個方面:
1、各區獨立
2、注意風向
PCR實驗室的分區我們按照污染程度來劃分:可分為試劑準備區-核酸提取區- PCR擴增區,普通的PCR實驗室還有產物分析區,其污染程度依次增大。PCR實驗室各個相對獨立的區域內要做好正負壓的控制,簡易的實驗室可以安裝不同數量的排風扇來實現不同區域的壓差。嚴格分區還要注意實驗室內的空氣在不同區域的流向問題。我們要防止擴增產物順空氣氣流進入上游擴增前的 “潔凈” 區域。所以,實驗室科學的通風設計在去除氣溶膠污染方面是非常有幫助的!
1.2 PCR實驗室的設計中常見的一些錯誤
我們參觀和了解過許多實驗室,發現有些PCR實驗室的設計存在嚴重的問題。下面是一些常見的設計錯誤,希望能夠引起大家的注意。
(1)中央空調互通:這樣就造成實驗室各區域的互通,非常容易造成整個實驗室的污染,進而不能使用。所以,需要在各區域另行安裝分體式空調或者安裝PCR實驗室專用的分區通風系統。
(2)隔斷不密封:有些實驗室在分區設計時,只是考慮實驗室在形式上的分區(各區分割不完全,有相通之處;各區之間無緩沖間;或者即便有緩沖間,卻在裝修時采用家庭裝修模式——吊軌式推拉門或者平開門,門的下面留有縫隙等等)。
(3)傳遞窗不密封:如果傳遞窗不密封,雖然有時方便了試劑、物品在不同實驗區間的傳遞,但同時也增加了交叉污染的風險。一個合格的傳遞窗應是雙開門且密封嚴實,并且兩邊的門最好設置連鎖裝置控制(即一次只能開啟一扇門)。此外,傳遞窗內應配有紫外燈照射裝置,并在每次使用后立即進行照射。
2.實驗室環境污染的監控體系建立以及相關問題的處置方法
2.1 PCR實驗室環境污染監控的重點
PCR實驗室環境污染監控和豬場環境監控的關注點是不一樣的。在實驗室層面,主要是關注產物和氣溶膠的核酸污染問題;而在豬場,則關注對病毒污染的監測。所以,我們對于PCR實驗室的監測關注點在重點區域和關鍵儀器設備方面。
下面是對PCR實驗室劃分的監測重點區域和關鍵的儀器耗材:
實驗區域:按區域采樣:試劑準備區、核酸提取區、 PCR 擴增區。采樣重點是在操作臺面和控制按鈕、冰箱門把手、離心機、槍頭盒蓋等。
儀器耗材:移液槍、離心機、渦旋振蕩器、核酸提取儀、PCR儀等。
2.2 PCR實驗室的環境采樣
實驗室環境采樣需要使用專用拭子(一般長度在10-15cm,易折斷為佳)。使用時將它浸入裝有350-500微升PCR級水的1.5ml離心管中,然后將拭子在離心管壁上適度擠壓,去除多余的水。注意:在不同區域采樣時需更換拭子。
(1)將拭子在長約30cm的取樣區域旋轉擦拭2-3次(臺面或離心機內表面)。然后將拭子放回離心管,渦旋震蕩10-15秒,洗脫拭子上捕獲的核酸。
(2)按上述方法去除拭子上的水,剩下液體作為檢測樣品。具體采樣檢測操作如下圖所示:
2.3 PCR實驗室氣溶膠污染的監控
氣溶膠污染的監控主要針對超凈工作臺和生物安全柜:可以采用空氣采樣方式。
(1)將6-8層紗布,其面積為30cm*30cm,用PCR級水或無核酸殘留的純凈水浸潤,打開風機,將其放在出風口5-10分鐘后取出。將紗布放在帶蓋的塑料離心管內,渦旋振蕩10-15秒,洗脫紗布上捕獲的核酸。
(2)或者,將裝有30-50微升PCR級水的1.5ml離心管,敞開蓋放置在不同的監測區域12-24小時采樣,然后進行檢測。
2.4 PCR實驗室環境監控頻率
我們可以根據實驗室不同的等級劃分和檢測樣本的情況,建議采取如下三種頻率進行:
(1)一般實驗室監控頻率可以按照: 每周或每兩周監測1次進行。【基層實驗室】
(2)檢測樣本非常頻繁,需要增加監控頻率:每周監控1-2次。【集團中心實驗室】
(3)國家參考實驗室:要求每天必須進行實驗室環境監控。【專業參考實驗室】
2.5 PCR實驗室環境監控配套試劑
PCR實驗室環境污染的監控需要配備專門的配套檢測試劑。IDEXX可以提供各PCR實驗室環境監測所需要的相關產品,幫助大家更專業地評估和及時發現實驗室可能存在的污染問題。
(1)IDEXX RealPCR? ASFV DNA Mix
(2)IDEXX RealPCR? PC DNA Tracker(陽性對照追蹤DNA檢測混合液)
(3)IDEXX RealPCR? Signal Check(QC細菌DNA檢測混合液)
實驗室環境監控方案
* 根據具體實驗室檢測內容來確定(ASFV、PRRSV、PEDV、CSFV ……)
實驗室環境監控結果解讀
* 根據具體實驗室檢測內容來確定(ASFV、PRRSV、PEDV、CSFV ……)
2.6 PCR實驗室環境污染處理措施
【方法一】將84消毒液配置成最終有效氯濃度為2000 mg/L的溶液,對重點污染區進行擦拭;孵育5分鐘后,用潔凈的紙巾擦拭干凈,再用清水或75%酒精進行兩遍清洗。
【方法二】使用商品化核酸清除試劑(如DNAZap、DNAOff或DNAAway)進行處理。使用時直接將商品化試劑噴涂于需要處理的區域,孵育5分鐘后用潔凈紙巾擦拭干凈后,再用清水或75%酒精進行兩遍清洗。同時建議配合房間的紫外燈和移動紫外燈(照射高度30-50 cm)對重點污染區、離心機、PCR儀等進行照射。建議消毒完后再進行各房間的通風。
2.7 PCR實驗室高風險污染區域的處理方法移液槍:
單按鈕移液槍:緩慢勻速移液。各區的移液槍要單獨使用且應有各自的標識;使用后,移液槍錐嘴處及表面用75%酒精溶液清潔。若使用過程中發生污染,應及時對移液槍咀使用75%酒精浸泡15分鐘左右。可考慮使用Eppendorf R-II移液槍(防止氣溶膠污染)。
離心機:每次實驗開始前,用75%的酒精擦拭離心機(外表、轉子及內壁)。每次實驗完畢后,先用84消毒液浸泡過的軟布擦洗離心機,再用潔凈的濕布擦洗,待干后蓋上機蓋。每月使用中性去污劑清潔轉子與離心室(打開離心機蓋,撥掉電源線,用專用設備將離心機轉子旋下)。
qPCR儀器:定期清潔熱蓋和反應槽。具體方法:關機后,將反應槽取出,打開熱蓋,用95%酒精或異丙醇浸透的棉棒擦拭反應孔(逐孔擦拭,污染嚴重時需逐孔更換擦拭所用的棉棒)和熱蓋,待酒精或異丙醇揮發后再將反應槽安裝好,將熱蓋恢復原位。若發生污染嚴重時則改用中性消毒液,按上述步驟消毒,然后再用95%酒精或異丙醇擦拭。
注意:實驗室環境監控出現污染并處理后,仍需要對處理后的效果進行二次評估,確定沒有污染后才可以進行實驗。
3.實驗室人員的培訓
PCR實驗室人員必需具有專業的素養,必需對實驗室檢測、監測方面非常清晰和了解,定期進行回顧和培訓。建立標準的SOP以及實驗室各種規章、制度等。
4.實驗室規范化操作流程(趙俊娜)
建立PCR實驗室規范化操作流程(SOP)非常重要!我們只有建立了良好的PCR實驗操作規范,才能有效降低實驗室環境的污染的發生,使我們的檢測結果更為準確!
4.1 實驗前:準備工作
(1)進不同區域要換不同的拖鞋、穿不同的工作服,戴上手套、口罩等。
(2)每日檢測前開啟紫外燈和移動紫外燈:距離臺面30-50cm照射30-60分鐘。
(3)開啟排風柜,保證檢測區域空氣單向流動。
(4)試劑、耗材的準備:特別是在裝槍頭的時候必需戴一雙全新的手套。
(5)標記好樣本。
4.2 實驗中:減少試劑、器具被污染的風險
(1)樣品的處理:按照規程處理樣本;試劑在前,樣本在后。
(2)最好使用帶濾芯的槍頭(防止氣溶膠的污染)。
(3)開管蓋時需防止液體接觸到手套;操作全程注意防止液體的飛濺和灑出。
(4)加樣順序:陰性對照、待檢樣本、陽性對照(不建議使用高濃度核酸或質粒作為陽性對照)。
(5)保存數據,清理廢棄物。
4.3 實驗后:及時清理,保證環境潔凈
(1)將吸頭、離心管、PCR產物等用消毒液浸泡處理。手套、口罩、鞋套丟棄于指定垃圾桶。若條件允許,則將廢棄物與樣品一同焚燒處理;或者與第三方合作處理。
(2)用84消毒液(按照有效氯2000mg/L濃度,現配現用)擦拭移液槍、儀器(注意PCR儀等屬于精密儀器,不建議使用84消毒液)、臺面等,作用后再用清水擦拭干凈,紫外燈照射。
依次清潔各區的實驗臺面和地面。各區清潔消毒工具均為專用。注意按照單一方向流程的原則進行清潔。
結論
非瘟防控,實驗擔當!在非豬瘟病毒實時熒光定量PCR檢測過程中,實驗室的檢測、監測起到了非常重要的作用!我們通過PCR實驗室科學的設計和布局、關注通風和風向、定期進行環境污染的監控和處置,能大幅度降低PCR實驗室的污染,增加檢測結果的準確性,從而為實驗室人員樹立信心。同時,注意實驗室操作人員專業化的培訓以及PCR實驗室人員規范化的操作,對于獲取準確的實驗室結果也非常重要!