革蘭陰性菌鑒定效能評估PK！國產ClinTOFⅡMS&BrukerBiotyper

　　范欣, 肖盟, 徐志鵬, 張戈，陳欣欣，徐英春. 國產基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜系統Clin－TOF－Ⅱ MS與Bruker Biotyper質譜系統在革蘭陰性菌的鑒定效能評估 [J]. 中華檢驗醫學雜志,2017,40( 1 ): 41-45. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2017.01.009

　　編者按

　　國產Clin-TOF質譜系統在革蘭陰性菌方面的鑒定能力與Bruker質譜系統相當，都有非常好的鑒定效能。

　　該研究旨在評估國產基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜系統Clin－TOF－Ⅱ型儀器及其搭載的BioExplorer V2.3鑒定數據庫(簡稱Clin－TOF質譜系統)對革蘭陰性菌的鑒定效能。共納入1999至2000年及2014至2016年北京協和醫院革蘭陰性菌1025株，分屬32個屬，56個種或種復合體。其中，腸桿菌科細菌覆蓋13個菌屬；非發酵菌覆蓋7個菌屬；以及其他12個菌屬的少見革蘭陰性菌。另外，該研究納入了臨床常用的革蘭陰性ATCC標準菌株，包括大腸埃希菌ATCC 8739、ATCC35218、ATCC25922、流感嗜血桿菌ATCC 49247、ATCC 49766、銅綠假單胞菌ATCC 27853。對照方法為Bruker Biotyper質譜系統：Bruker Autoflex Speed型號儀器及其搭載的Biotyper v3.1數據庫(簡稱Bruker質譜系統)。采用直接涂抹法平行使用2套質譜系統對研究納入菌株進行菌種鑒定。結果顯示，Clin－TOF質譜系統準確鑒定率為98.05%(1 005/1 025)。該研究表明國產Clin－TOF質譜系統在鑒定革蘭陰性菌方面有臨床效能。

　　1.鑒定準確性

　　Clin-TOF質譜系統臨床菌株準確鑒定率為98.05%（1 005/1025）。

　　2.腸肝菌科細菌

　　對于689株腸桿菌科細菌來講，包括埃希菌屬、克雷伯菌屬、腸桿菌屬、沙雷菌屬、枸櫞酸桿菌屬、變形桿菌屬、摩根菌屬、沙門菌屬、普羅威斯登菌屬、柔特勒菌屬、多源菌屬等，Clin-TOF質譜系統能夠準確鑒定98.98%（682/689）的腸桿菌科細菌。

　　3.非發酵菌

　　對于306株非發酵菌，包括假單胞菌屬、不動桿菌屬、無色桿菌屬、窄食單胞菌屬、金黃桿菌屬、莫拉菌屬、產堿桿菌屬等，Clin-TOF質譜鑒定系統準確鑒定率達到97.71%（299/306）。

　　4.少見革蘭陰性菌

　　該研究納入的30株少見格蘭陰性菌，包括蒼白桿菌屬、伊金菌屬、嗜血桿菌屬、氣單胞菌屬、羅爾斯通菌屬、勒克菌屬、巴斯德菌屬等。Clin-TOF質譜系統準確鑒定率為80%（24/30）。

　　Clin-tof質譜系統搭載的最新的BioExplorerV2.3數據庫是我國自主研發建立的數據庫，因此對我國臨床病原菌鑒定有一定的針對性。Clin－TOF質譜系統與Bruker質譜系統的鑒定準確率均為98%以上， 國產clin-tof質譜系統在革蘭陰性菌方面的鑒定能力與bruker質譜系統相當，都有非常好的鑒定效能。

　　Clin－TOF質譜系統簡介

　　Clin－TOF飛行時間質譜系統由國內首家自主研發臨床質譜的企業——北京毅新博創生物科技有限公司生產。該公司的Clin－TOF－Ⅰ質譜系統于2012年即通過了歐盟 CE IVD 認證和美國FDA 認證，2014 年通過中國 CFDA 認證 。Clin－TOF－Ⅱ 臨床質譜儀于 2016 年通過歐盟 CE IVD 認證，具有1200mm長度的飛行管，因此，比Clin－TOF－Ⅰ（飛行管長度800mm）具有更高的靈敏度、分辨率和精準度：在蛋白組學、基因組學應用基礎上，拓展了微生物組學應用領域，擁有超過370屬、2200種、7900株的微生物譜庫，可對臨床樣本或培養后臨床樣本進行細菌、真菌、分支桿菌鑒定。

　　Clin－TOF臨床質譜儀，在蛋白組學研究方面，可進行生物樣品的蛋白、多肽及蛋白糖基化修飾檢測，是蛋白組學研究的有效技術手段；在基因組學研究方面，直接以核酸片段的分子量為標記，對核酸進行精確的定性定量分析，適用于各種類型的SNP基因型核酸分析實驗，可用于腫瘤ctDNA、藥物基因、遺傳代謝疾病基因檢測。

　　Clin－TOF質譜系統是目前應用質譜技術對疾病蛋白質組、基因組、微生物組進行全方位研究的先進技術平臺。

　　Clin－TOF質譜系統特點

　　Clin－TOF飛行時間質譜系統具有功能多樣及高通量的特點，可實現蛋白質及多肽檢測、核酸檢測、微生物檢測多種功能，且具有快速檢測大樣本量標本的特點，該系統適合應用于臨床檢驗項目。不同分析目標要求不同的樣品處理及研究方法。

　　1. 疾病蛋白質組研究：樣品（體液/組織/細胞）中的蛋白、多肽提取（液相色譜/固相芯片/液相芯片）→質譜檢測→軟件分析圖譜→多肽鑒定→臨床模型建立。

　　2. 基因組學研究：樣品中的DNA提取→PCR擴增→SAP消化→單堿基延伸→樹脂純化、上樣→質譜檢測→核酸分型。

　　3. 微生物組學研究：菌種分離→菌種培養→樣本提取、上樣→質譜檢測→微生物譜庫檢索、鑒定。