總體來說，此綜合征的預后是好的一些患者可以自行恢復，并且不再復發；一些患者在使用糖皮質激素治療后可完全恢復尤其是兒童患者，腎臟病變往往完全恢復，不易復發；但成人腎臟病變可復發，即使在全身使用糖皮質激素和其他免疫抑制劑(如苯丁酸氮芥、環磷酰胺等)治療中也可復發，并且少數患者可進展為慢性腎功能衰竭因此對于腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征的患者，應囑其就診腎臟病專科以期獲得正確的治療和隨訪觀察。
葡萄膜炎不像腎臟病變它易于復發，即使在全身糖皮質激素治療過程中也可能出現前葡萄膜炎的復發。不過絕大多數患者的炎癥僅限于眼前段對局部糖皮質激素治療敏感，所以一般不引起嚴重的后果，但前葡萄膜炎未及時治療或治療方法不正確可引起并發性白內障、繼發性青光眼等并發癥，影響患者的視力預后。