腦膿腫的形成一般可分3個階段：
1、局限性腦炎期：腦組織充血、水腫、炎性細胞浸潤，有斑點狀出血，以后部分腦組織軟化，壞死，出現許多小液化區。
2、化膿期：液化區融合，形成腔隙，膿液及軟化的腦組織聚積其內，形成膿腫，膿腫與周圍腦組織建無明確界限。
3、包膜形成期：膿腔周圍由肉芽組織，纖維結締組織及神經膠質細胞形成包膜，一般需歷時3—4周，膜各處厚薄不一，周圍腦組織水腫、膿腫較大時，可向附近的腦室或蛛網膜下腔潰破，形成嚴重的腦室炎和腦膜炎，由于膿腫的擠壓及伴發的腦炎、腦組織水腫等病變，使顱內壓升高，腦組織可因此發生移位，形成腦疝，腦疝形成后可出現呼吸、心跳驟停而迅速死亡。