1.常規采樣方法
(1)散裝食品
①液體、半液體食品采樣 以一池或一缸為一采樣單位，即每一池或一缸采一份樣本，采樣前先檢查樣本的感官性狀，然后將樣本攪拌均勻后采樣。如果池或缸太大，攪拌均勻有困難，可按池或缸的高度等距離分為上、中、下三層，在各層的四角和中間各取等量樣本混合后，再取檢驗所需樣本。對流動的液體樣本，可定時定量，從輸出口取樣后混合留取檢驗所需的樣本。
②固體食品采樣對數量大的 散裝食品如糧食和油料，可按堆形和面積大小采用分區設點，或按糧堆高度采用分層采樣。分區設點，每區面積不超過50m2，各設中心四角共五點；區數在兩個以上的兩區界線上的兩個點為共有點。例如，兩個區設8個點，三個區設11個點，依此類推。糧堆邊緣的點設在距邊緣50cm處。
采樣點定好后，先上后下用金屬探管逐層采樣，各點采樣數量一致。從各點采出的樣本要做感官檢查，感官性狀基本一致，可以混合成一個樣本。如果感官性狀顯然不同，則不要混合，要分別盛裝。
(2)大包裝食品
①液體、半液體食品采樣 大包裝樣本一般用鐵桶或塑料桶，容器不透明，很難看清楚容器內物質的實際情況。采樣前，應先將容器蓋子打開，用采樣管直通容器底部，將液體吸出，置于透明的玻璃容器內，作現場感官檢查。檢查液體是否均一，有無雜質和異味，將檢查結果記錄，然后將這些液體充分攪拌均勻，用長柄勺或采樣管，裝人樣本容器內。
②顆粒或粉末狀的固體采樣如大批量的糧食、油料和白砂糖等食品，堆積較高，數量較大時，應將其分為上、中、下層，從各層分別用金屬探子或金屬采樣管采樣。一般粉末狀食品用金屬探管(為防止采樣時受到污染，可用雙層套采樣器采樣)；顆粒性食品用錐形金屬探子采樣；特大顆粒的袋裝食品如蠶豆、花生果、薯片等，要將口袋縫線拆開，用采樣鏟采樣。每層采樣數量一致，要從不同方位，選取等量的袋數，每袋插人的次數一致。感官性狀相同的混合成一份樣本，感官性狀不同的要分別盛裝。
(3)小包裝食品
各種小包裝食品(指每包500g以下)，均可按照每一生產班次，或同一批號的產品，隨機抽取原包裝食品2～4包。
(4)其他食品
①肉類 在同質的一批肉中，可以四角或中間設采樣點，每點從上、中、下三層均勻采取可食部分的若干小塊，混合為一個樣本。如品質不同，可將肉品分類后再分別取樣。有時也可按分析項目的要求重點采取某一部位，如檢查旋毛蟲要取肌基部的肌肉。
②魚類 經感官檢查質量相同的魚堆在四角和中間分別采樣，盡量從上、中、下三層各抽取有代表性的魚樣。個別大魚和海獸，只能割取其局部作為樣本。一般魚類，都采集完整的個體，大魚(0.5kg左右)三條作為一份樣本，小魚(蝦)可取混合樣本，每份0.5kg。
③冰蛋(冰全蛋、巴氏消毒冰全蛋、冰蛋黃、冰蛋白) 按生產批號，在生產過程裝罐時流動取樣。以每四小時生產數量為單位，每半小時取樣一次，每次50g，留人已滅菌的玻璃瓶中混合后送檢。已制成冰蛋的，則要用已滅菌的鉆頭取樣，按無菌操作程序進行，取樣量不少于0.5kg。
④燒烤熟肉 檢查表面污染情況，采樣方法可用表面揩抹法。
大塊熟肉采樣，可在肉塊四周外表均勻選擇幾個點，用經高壓消毒的板孔5cm2的金屬制規板，壓在所選點的位置上，再用經生理鹽水濕潤的滅菌棉球拭干，在規板范圍內揩抹10次，然后，移往另一點做同樣揩抹。每個規板只壓一個點，每支棉拭揩抹兩個點。一般大塊熟肉共揩抹50cm2(即10個規板板孔，5支棉拭)，每支棉拭揩兩個點立即剪斷或燒斷(剪子要經酒精燈燃燒滅菌)，投入盛有50mL滅菌生理鹽水的三角瓶或大試管中送檢驗室。
⑤冷飲(冰棍、冰淇淋等) 用滅菌小刀將木棍切斷，將冰棍置入滅菌廣口玻璃瓶中。小包裝的冰淇淋應先將包裝盒蓋打開，用滅菌小匙將包裝內的冰淇淋裝人滅菌廣口玻璃瓶內，每三包為一個樣本。無包裝或大包裝冰淇淋，用滅菌小匙取樣250g以上裝入滅菌廣口玻璃瓶內送檢。
⑥食具采樣 選取大食具2只，中食具5只，小食具10只，筷子3根，作為一份樣本，食具用濾紙貼附法采樣，筷子用洗脫法采樣。
a.濾紙剪成2cmX2.5cm小片(每張5cm2)及1cm2小片，先用滅菌生理鹽水濕潤濾紙，貼在食具內壁，然后依次取下，放入盛有51mL滅菌生理鹽水的大試管或三角瓶中，每份食具貼51cm2。將采樣的1mL作細菌總數測定，50mL作大腸菌群測定。
餐飲具的安全衛生檢測也可直接采用“餐飲具大腸菌群檢測紙片法”檢測。
b.筷子用洗脫法采樣，在大試管(30mm口徑)里裝50mL生理鹽水，將筷子進口一端浸洗輕搖約20次取出送檢。
2.微生物檢驗無菌采樣方法(1)采樣用具、容器滅菌方法
①玻璃吸管、長柄勺、長柄匙，要單個用紙包好或用布袋包好，經高壓滅菌。
②盛裝樣本的容器要預先貼好標簽，編號后單個用紙包好，經高壓滅菌消毒，密閉、干燥。
③采樣用棉拭子、規板、生理鹽水、濾紙等，均要分別用紙包好，經高壓火陰消每,備用。
④鑷子、剪子、小刀等用具，用前在酒精燈上用火焰消毒。
⑤消毒好的用具要妥善保管，防止污染。
(2)無菌操作步驟
①采樣前，操作人員先用75%酒精棉球消毒手，再用75%酒精棉球將采樣開口處周圍抹擦消毒，然后將容器打開。
②固體、半固體、粉末狀樣本，可用滅菌小勺或小匙采樣，液體樣本用玻璃吸管采樣，樣本取出后，將其裝入樣本容器，樣本容器在酒精燈上用火焰消毒后加蓋密封。
③散裝液體樣本采樣前，應先用玻璃管攪拌均勻或搖勻，有活塞的用75%酒精棉球將采樣開口處周圍抹擦消毒，然后打開活塞，先將內容物倒出一些后，再用滅菌樣本瓶接取樣本，在酒精燈火焰上端高溫區封口。
④生產用具、設備、食具采樣，可用經滅菌的小刀，把表面干燥的污物刮下裝入干燥的滅菌容器中送檢；用具、食具表面檢查，可用滅菌棉拭子沾濕滅菌生理鹽水抹擦表面，將棉拭子抹擦的一端對準采樣容器瓶口剪斷放入容器內，或用滅菌生理鹽水沾濕預先滅菌的濾紙，然后貼附于樣本表面，1min后，用無菌鑷子夾取濾紙放入樣本容器內送檢。
(3)無菌采樣注意事項
①盡量從未開封的包裝內取樣，大包裝的要從各部分采取有代表性的樣本。
②預先包好消毒的采樣工具和容器，必須在采樣時方可打開所包的紙或布。
③采樣時最好兩人操作，一人負責取樣，另一人協助打開采樣瓶、包裝和封口。
④為了查明某一工序的衛生狀況，可在這一工序處理前和處理后各取一份樣本作對照。如對手工包裝工序，可采包裝前和包裝后的樣本，還可直接用滅菌棉拭子抹擦操作工人的手指，進行細菌培養，證明污染程度。
⑤檢查微生物樣本，要在采樣后4h以內送檢驗室。氣溫較高的季節，送檢樣本應保存在有隔熱材料的采樣箱，箱內放冰塊或冷卻劑保存。但應注意勿使冰塊融化的水污染樣本。樣本送到檢驗室應立即檢驗，如不能立即檢驗，應冷藏保存。