僅補充鈣劑對于骨質疏松的治療是遠遠不夠的，需根據患者情況加用藥物。
（1）藥物治療適應證已有骨質疏松癥（T≤-2.5）或已發生過脆性骨折；或已有骨量減少（-2.5<T<-1.0）并存在一項以上骨質疏松癥危險因素者。無條件測定骨密度，但具備以下情況者，也需藥物治療：
①已發生過脆性骨折；
②OSTA篩查為高風險；
③FRAX工具計算出髖部骨折發生概率≥3%或任何重要的骨質疏松性骨折發生概率≥20%。
（2）抗骨吸收藥物
1）雙膦酸鹽類可選擇的藥物有阿侖膦酸鹽（Alendronate）、唑來膦酸鈉、利塞膦酸鈉等。
2）降鈣素類更適合有疼痛癥狀的骨質疏松癥患者。不宜長期使用。鮭魚降鈣素，皮下或肌肉注射，根據病情每周2～5次；鮭魚降鈣素鼻噴劑；鰻魚降鈣素，肌肉注射。
3）選擇性雌激素受體調節劑（SERMs）用于女性患者，能降低雌激素受體陽性浸潤性乳癌的發生率，不增加子宮內膜增生及子宮內膜癌的危險。雷諾昔芬（Raloxifene），有靜脈栓塞病史及有血栓傾向者如長期臥床和久坐期間禁用。
4）雌激素類只能用于女性患者。應全面評估利與弊，遵循以下原則：
①適應證：有絕經期癥狀（潮熱、出汗等）及/或骨質疏松癥及/或骨質疏松危險因素的婦女，尤其提倡絕經早期開始用，收益更大風險更小。
②禁忌證：雌激素依賴性腫瘤（乳腺癌、子宮內膜癌）、血栓性疾病、不明原因陰道出血及活動性肝病和結締組織病為絕對禁忌證。子宮肌瘤、子宮內膜異位癥、有乳腺癌家族史、膽囊疾病和垂體泌乳素瘤者慎用。有子宮者應用雌激素時應配合適當劑量的孕激素制劑，以對抗雌激素對子宮內膜的刺激，已行子宮切除的婦女應只用雌激素，不加孕激素。激素治療的方案、劑量、制劑選擇及治療期限等應根據患者情況個體化。應用最低有效劑量。堅持定期隨訪和安全性監測（尤其是乳腺和子宮）。
（3）促進骨形成藥物甲狀旁腺激素（PTH），治療時間不宜超過2年。肌肉注射，用藥期間要監測血鈣水平，防止高鈣血癥的發生。
（4）鍶鹽雷奈酸鍶，睡前服用。不推薦CCr（肌酐清除率）<30ml/min者使用。
（5）其他藥物
1）活性維生素D更適合老年人，腎功能不全，1α羥化酶缺乏者。包括1α羥維生素D（α骨化醇）和1,25雙羥維生素D（骨化三醇）兩種。定期監測血鈣和尿鈣水平。骨化三醇、α-骨化醇在治療骨質疏松癥時，可與其他抗骨質疏松藥物聯合應用。
2）維生素K2（四烯甲萘醌）餐后服用。禁用于服用華法令的患者。