骨髓檢查可用于造血系統疾病的診斷，如對白血病的鑒別診斷、各種貧血的鑒別診斷、多發性骨髓瘤和血小板增加或減少性疾病的診斷； 骨髓檢查還可用于某些感染性疾病如感染性心內膜炎時的骨髓培養有助于提高該病診斷的陽性率，在瘧原蟲和黑熱病原蟲感染時，通過骨髓檢查有助于發現原蟲并明確診斷； 某些惡性腫瘤時，通過骨髓檢查可以確定是否有骨髓轉移，因為骨髓是許多惡性腫瘤轉移的好發部位。在肺癌、乳腺癌、胃癌、前列腺癌時易發生骨髓轉移，可在骨髓檢查中發現相應的腫瘤細胞。用于骨髓干細胞培養、染色體核型檢查、骨髓細胞免疫學分型試驗等。