高密度脂蛋白膽固醇增高最主要的臨床價值是能夠將動脈粥樣硬化斑塊的泡沫細胞轉移至肝臟排出體外，可見于原發性高HDL血癥，并發現此群家族中長壽者多。接受雌激素、胰島素或某些藥物（如煙酸、維生素E、肝素等）治療者，亦可增高 。
高密度脂蛋白膽固醇降低常見于腦血管病冠心病、高甘油三酯血癥、肝功能損害如急慢性肝炎、肝硬化、肝癌、糖尿病、吸煙、缺少運動等，其減低可作為冠心病的危險指標 。
含量升高
生理性升高：運動（如運動員一般HDL-C較高）、飲酒、婦女服用避孕藥、一些降膽固醇藥物（如諾衡）等 。
病理性升高：慢性肝病、慢性中毒性疾病、遺傳性高HDL血癥 。
含量降低
生理性降低：少運動的人，應激反應后 。
病理性降低冠心病、高甘油三酯血癥患者、肝硬化、糖尿病、慢性腎功能不全、營養不良 。