流動相通過高壓泵進入系統,樣品溶液通過注射器進入流動相,流動相加載到色譜柱(固定相)中。由于樣品溶液中各組分在兩相中的分配系數不同,經過兩相反復吸附-解吸分配后,各組分的運動速度有很大的不同。它被分離成一個單獨的組件,然后依次從列中流出。當樣品濃度通過檢測器時,樣品濃度被轉換成電信號并傳送給記錄器,數據以地圖的形式打印出來。