儲液器中的流動相被高壓泵打入檢測系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱（固定相）內。
由于樣本溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數，在兩相中作相對運動時，經過反復多次的“吸附-解吸”的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣本濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式輸出檢測結果。
