高通量測序數據分析

　　1. 是不是一定要用大型計算機?

　　除了序列拼接組裝以外，其它分析不是一定要大型計算機，在普通的PC上也可以進行一些處理，當然，買一臺或幾臺高性能的工作站電腦，能顯著加快數據處理的速度。

　　2. 是不是一定要用Linux系統?

　　也不一定非用Linux不可，在Window下可以完成部分數據處理。如果你想以后長期從事高通量測序數據分析工作，熟悉Linux是必須的，但是如果你是為了處理一下數據混混畢業(中國有很多研究生是這樣，這是事實)，我覺得沒必要額外花些時間去學習使用Linux，雖然現在Linux已經變得不那么難用了。

　　3. 序列拼接又要用大型計算機又要用Linux系統怎么辦?

　　方法有兩個：(1) 找商業公司組裝拼接, (2)用亞馬遜的云計算服務。

　　4. 是不是必須自己寫些程序?

　　數據處理中經常要對文本文件中的內容進行調整、篩選、比對，據我所知現在還沒有什么軟件可以非常靈活的完成這些操作，將來也很難有，因為這些操作都是與實際數據相關的，沒有統一的規律。現在大部分人都是用腳本程序來完成這些任務，因此數據分析過程中需要自己寫點程序。在這方面比較適合的編程語言是Python和Perl，我覺得Python比較好用也比較有前途，但很多人還是用Perl，問其原因，得到的答復是是師兄師姐都用Perl，不得不用Perl。

　　5. 數據如何分析?

　　這個問題太難回答了，并且我覺得目前及將來很長一段時間，在網上應該找不到像DGGE操作步驟、T-RFLP操作步驟、DGGE數據分析方法等這類非常詳細的教程類的東西。因為高通量測序技術及其數據分析方法現在發展非常快，時刻在變。唯一的辦法就是自己去研究Paper，研究相關軟件的說明書。