藻類的特異性色素是葉綠素、葉黃素和胡蘿卜素.浮游藻類里常見的三種葉綠素是葉綠素 a,b和c.葉綠素a在一切浮游藻類里大約占有機物干重的1~2%,是估計藻類生物量的好指標.細胞的葉綠素含量隨種類或類群而有所不同,同時還受年齡、生長率、光和營養條件的影響.脫鎂葉綠素a(一種葉綠素a的普通降解產物)能夠干擾葉綠素a的測定,因為如果存在脫鎂葉綠素a,它能在葉綠素a的相同光譜 區吸收光和熒光,造成葉綠素a值的誤差.當測定葉綠素a的時候還要測定脫鎂葉綠素a.葉綠素a和脫鎂葉綠素a之比可作為浮游植物生理條件的一個良好指標。高通量組織研磨儀在研究工作中起到制樣的作用，為研究提供有效的幫助。
檢測限隨熒光計結構與流速而變,但對于大多數葉綠素與它們的降解產物來說,每次進樣檢測限范圍在10~100pg.HPLC法的精確度主要取決于色素標 準樣的純度.更理想的方法是測定標準樣的吸收光譜(350~750nm)并與文獻數據相比較.色素的純度也可用HPLC法來測定,條件是不存在能與標準物 的吸收和熒光譜帶相重疊的共洗脫污染物.如果分光光度法測得的數據經脫鎂色素校正,HPLC的結果表達為色素當量(例如:葉綠素a當量=脫植基葉綠素a+ 葉綠素a+葉綠素ac,假定使用正確的分子量校正值),那么HPLC法與分光光度法提供的色素濃度與提供的EPA標準符合得很好.因此如果明顯的存在色素衍生物,用分光光度法測得的數據會偏高.要HPLC法與熒光法測得的數據一致則取決于附加的葉綠素b,c和它們的衍生物。
通過先前高通量組織研磨儀制備的標準物校準HPLC系統的工作標準.混合1ml標準物與300LL蒸餾水,搖動,平衡5分鐘后進樣.用300LL標準液漂洗注射器2次,注射器中吸入500LL標準液用于進樣,將注射器插入進樣閥,充滿200LL的進樣環管.混合1ml90%丙酮與300LL蒸餾水作為空白液，建立標準色素濃度與熒光峰面積(或高)的標準曲線.這種方法為葉綠素與類胡蘿卜素的分離而設計,同時也可以分離主要的葉綠素分解產物.方法的精確度由測定三倍進樣的浮游植物群落和植物的提取物確定.使用合適的內標物可提高精確度。