雖然高速逆流色譜有很多優勢特點，而且是其它方法不能替代的。但不可避免的，在某些方面還是會存在一些缺陷。
高速逆流色譜的應用可能會受到如下因素的制約。
一，在溶劑體系的選擇上還沒有非常系統、成熟的理論來指導，雖然已經有學者建立了幾種經驗性的溶劑系統篩選方法，但這些方法均為經驗性的規律總結，如何選擇一種具有良好分離效果的溶劑體系還依賴于操作者的經驗，通常都需要多次實驗才能篩選出較佳的溶劑系統。
二，盡管目前的高速逆流色譜已經能實現上百毫克甚至數十克級的制備分離，但是還未達到數百克級甚至公斤級的制備能力。
三，高速逆流色譜在中試規模和產業化當中的應用還需要對逆流色譜的分離機理從理論上做更深入的探討，還需要解決現有儀器設備在放大過程中的一些關鍵性技術問題。目前，已有科技人員著手這方面的研究，相信在不久的將來高速逆流色譜將發展成為一種更加成熟的可產業化的高效分離技術。