高錳酸鉀為氧化劑，在水中分解，可形成二氧化錳等放出氧。氧作用于菌體蛋白，破壞其結構，從而使之死亡。高錳酸鉀殺菌所需濃度較低，0.01%-0.1%作用10-30分鐘可殺滅細菌繁殖體、病毒和破壞肉毒桿菌毒素。對乙型肝炎病毒的滅活作用尚未見報道；對細菌芽胞的殺滅，雖有報告，但所需濃度2%-5%)高，作用時間長（24小時)，實用意義有限。
