糖酵解產生的磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）和戊糖磷酸途徑產生的D-赤蘚糖-4-磷酸作用形成中間產物3-脫氧-D-阿拉伯庚酮糖酸-7-磷酸，進一步環化成重要中間產物莽草酸。莽草酸再與PEP作用，形成3-烯醇丙酮酸莽草酸-5-磷酸，脫去Pi，形成分支酸。分支酸是莽草酸途徑的重要樞紐物質，它以后的去向分為兩個分支：一個分支走向色氨酸，另一個分支是先形成預苯酸，經過arogenicacid，然后再分支：一是形成苯丙氨酸，另一是形成酪氨酸（圖5-7）。
廣譜除草劑草甘磷之所以能除草，就是因為它能抑制催化莽草酸與PEP合成3-烯醇丙酮酸莽草酸-5-磷酸的酶。本途徑存在于高等植物、真菌和細菌中，而動物則無，所以動物不能合成苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸這3種芳香族氨基酸，必須從食物中補充。