2. 質譜鑒定命令
單個蛋白質點可能被命名為幾個名稱或代碼，如檢測點數、匹配數、采集數等。因此，用一個質譜圖去關聯一個適當的蛋白點沒有多大意義。為了避免錯誤， PROTICdb 的工作流程之一是生成一個攜帶單一的，送去做質譜鑒定的蛋白點質譜儀 ID 的文件 ( 相當于一個命令)。質譜儀就可以將攜帶蛋白點 ID 的結果返回到數據庫中，這樣就避免了名稱含混不清的問題。在這個實例中，描述裝有切下的蛋白點的微孔板的文件將被提交給數據庫。在微孔板圖中，每個切下來的蛋白質點都事先被用戶命名為“ picked_spot” 。這個工作流程假設這個命令在圖像分析數據（蛋白質點檢測）被記錄到數據庫之前被發送到質譜儀。這樣，當用戶隨后提交蛋白點檢測和比對數據時，他或她將同時提供與蛋白點檢測和比對數據代碼相關的適當的“ picked_ spot”命名。這一步至關重要 ，因為它使得數據庫將“ picked_ spot” 的編號與比對代碼關聯起來，確保能準確無誤地整合質譜數據。
“ Identification Order” 創建步驟的輸出是一個基本的 “Sequest” 軟件兼容的文件。它包括微孔板上的每個樣品。這個文件很有用，因為它可用 “sequest” 軟件直接讀取 ( 見注釋 12)。
按以下步驟建立一個新的命令：
( 1 ) 在主菜單選擇“ file based feeding” — 然后在彈出菜單中選擇“ MS identification request (in)’’。
( 2 ) 選擇 “ order spot identifications from one picture/detection” 并提交。
( 3 ) 選擇與樣品相應的凝膠成像圖。（在這個實例中，微孔板上的蛋白點來自同一塊凝膠）然后選擇 “ DV02041611” 圖像。
( 4 ) 點擊 “request MS identification order for this picture ” 按鈕，一個新表單便出現（圖 23- 5 , 第 1 步 ) 。
( 5 ) 點擊按鈕 “ create a new virtual detection for this picture ” 創建一個虛擬蛋白點檢測結果（記住：前面的圖像分析結果直到現在還沒有提交），這樣就將微孔板中的蛋白點建立在數據庫中。當真實的蛋白點檢測實驗完成后，上傳結果，并且將質譜結果填入數據庫后，這些蛋白點的信息將被更新。
( 6 ) 選擇在第 13 步建立的 “virtual detections” 加載質譜鑒定結果。當梅拉尼輸出文件提交后，那些 “ virtual detections ” 將被 “real detections ” 所取代。這時名為 “now you can subm it your order” 的新表單出現了。（ 圖 23.6，步驟 2)。
( 7 ) 輸入本次實驗所用的微孔板的號碼，點擊 “set microplate number” ，接著點擊“ get the microplate template” ，下載 excel 模板文件。在微孔板 excel 模板文件中，輸入在這個鑒定命令中所用的微孔板的號碼，當前 PROTICdb 用戶的郵件地址，以及微孔板中的孔號（12 列 8 行 從 A 到 H) ，所用樣品的準確名稱：在 23. 3. 3 節 2 中用到的 “ picked _spot” 號碼（見注釋 1)。保存你的 Excel 文件為 “ tabulation-separated text” 格式（ 見注釋11)。這張圖對應著你的質譜儀中微孔板。準備足夠多的微孔板文件。在這個演示中只有一個微孔板文件：“ demo, zip ” 文件夾中的 microplates/microplatedemo. txt。
( 8 ) 輸入上樣到微孔板上的樣品號碼，在這個演示的微孔板上有 9 個樣品。
( 9 ) 瀏覽你的電腦硬盤選擇微孔板文件。在這個演示中從準備好的“ demo, zip” 文件夾中獲得 “ microplatedemo.txt ” 文件。注意在微孔板文件中的 e-mail 地址必須與 PROTICdb 中當前用戶的 e-mail 地址一致。在 “ related species” 中輸入：根據 NCBI 分類系統的種、屬名稱（與樣品相關的來自其他物種的序列有時用于蛋白質鑒定的檢索）。在本演示中輸入 “ Oryza sativa. ”。
( 10 ) 填寫余下的表單內容，然后點擊 “ Submit”
。如果發生錯誤，會出現錯誤提示信息。根據信息提示更改你的文件，重新提交。提交成功會出現 “order n created ! ”
信息。記住這個識別命令代碼，為方便日后訪問鑒定報告。會有一封針對這個命令的輸入文件以電子郵件的形式發送到當前用戶。保留這個信息，保存這個輸入文件。這個文件應當和蛋白點的微孔板一起被送到質譜儀。
3. 蛋白點檢測結果文件的上傳
使用 Melanie 軟件時，你要用相應的 “ picked _ spot ” 名稱注釋每個蛋白點（見 23.3.3 節而要這樣的話，必須建立一個用戶定義的 “ picked _ spot ”專欄（見 Melanie 程序說明）。然后導出一份指標文本格式的蛋白點報告。
保存 Melanie 檢測文件后，按照如下流程操作：
( 1 ) 在主菜單上選擇 “file based feeding ”項目，然后在彈出菜單欄中選擇“ virtual spot detection (update ) ” 。
( 2 ) 選擇與 melanie 結果相應的圖像，這里選擇 “ DV02041611” 。
( 3 ) 提交。
這時出現一份先前建立的這張凝膠成像的虛擬蛋白點的檢測目錄（見圖 23 -7, 第一步） 。
( 4 ) 選擇要更新的虛擬蛋白質檢測（本演示中，只有一個虛擬蛋白質檢測可以選擇)。
( 5 ) 提交。
( 6 ) 出現類似在 23.3.2 節 4 中描述過的 “Spots detection file upload form” 表單( 圖 23-8, 第二步）。像在 23. 3.2 節 4 中描述過的一樣填寫這個表單。在 “ demazip ” 文件夾中能找到 Melanie 輸出文件 DV02041611.txt 。這張凝膠必須被指定為主凝膠。不填寫 “ matchingfile” 欄目。現在還不用 private/public 區域。但是，設立這一項是考慮到未來預期的數據公布政策。
( 7 ) 提交。
數據庫處理這個文件的時間較長，這時千萬不要中斷 PROTICdb。如果發生錯誤，按照提示更正并重新提交（ 見注釋 10)。
當處理完成后，系統將通過 e-mail 將一個成功或錯誤的通知發送給當前用戶，如果發生錯誤，蛋白點鑒定信息都將不被保存。按照錯誤報告的建議更正，并重新提交一次文件。
注明蛋白點的位置和豐度數據的凝膠成像現在可以在凝膠瀏覽器上顯示了（見 23.3.5 節 ，凝膠瀏覽器) 。