1、打開根系掃描儀開關，摘除掃描儀的黑色蓋板；
3、在掃描軟件中選擇正片掃描，并選擇相應的掃描像素；
4、將加密狗插入到電腦中，打開軟件；
5、在設置—標定中輸入掃描圖的對應像素，即可自動換算為實際長度；如果圖片中有雜質，可選擇雜質剔除；如果圖片中根系和背景顏色較為接近，可選擇二值化功能增強對比度；如果不需要對根系進行全根分析，可選擇目標區功能來選擇任意指定的目標區；除此之外，進行一鍵分析，合并分叉，毛刺去除，刪除鏈接，拓撲分析，修改圖片名稱、樣品名稱，導出數據、保存圖片，追加數據，還原圖片等一系列的操作；
6、墊高塊用法：掃描儀蓋子打開，將兩個小墊高塊分別放入掃描儀蓋子鏈接處的兩側，將根盤和根放入掃描儀，注水后將根分散開，將大墊高塊放入掃描儀的另一側，蓋上蓋子進行掃描。