BCR斷裂點的異質性，決定了BCR/ABL產物的分子異質性。98%CML的BCR斷裂點在ber(bcr﹣)，主要在BCR14附近3kb區域內。由此形成的BCR/ABL，表達8.5kbmRNA蛋白。5.8kb bcr區域是BCR基因的一部分，包括12、13、14和15號4個外元及相應的內元。
絕大多數斷裂點位于14號外元上游，則 BCR-ABL融合基因包含BCR1~13號外元；如斷裂點位于14號外元下游，則14號外元也包含在融合基因中。在很少情況下15號外元也包含在內(5區)由于轉錄后mRNA的剪接作用雖然融合基因有14號外元，但最終表達產物也可能丟失它。