BNP同ANP一樣具有一個由17個氨基酸通過一對二硫鍵組成的環狀結構，它對于受體的結合很必要，其中二硫鍵對于BNP的生物活性很重要。
BNP具有種屬特異性，大鼠的BNP由45個氨基酸組成，而豬、狗與人的BNP由32個氨基酸組成，人類BNP基因片段位于1號染色體短臂的遠端，與其上游的ANP片段相連，其反向轉錄脫氧核糖核酸（cDNA）由1900個核苷酸組成，BNP的信使核糖核酸（mRNA）由900-1000核苷酸組成，它可表達成BNP前體原，脫去N端的信號肽成為含108個氨基酸的BNP前體（proBNP），但并不儲存于分泌顆粒，主要從心室分泌，在其分泌過程中或進入血液后分解為具有生物活性的BNP（含32個氨基酸的C端片段）及N端片段。左室延展及室壁張力對BNP的釋放進行基礎調節。