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  • 發布時間:2020-02-01 23:51 原文鏈接: C.elegans基因文庫的分類和選擇

    自 1995 年成立以來,Dharmacon 在生物信息學,RNA 生物學和合成化學方面的專長 , 使我們能夠開發出一整套研究基因功能的產品。

    作為 RNA 定制合成的領導者,Dharmacon 公司是 RNA 干擾新發現領域的早期參與者,并且在若干重要的科學發現中,以及確保沉默效率的 siRNA 試劑的商業化過程中做出了重大貢獻。Dharmacon 公司保持技術進步,利用生物信息學和化學修飾提高產品性能,從而維持了長久以來 siRNA 領域的領先性。當今,我們研究的領域和研究工具已經擴展到支持 RNA 干擾應用的方方面面;如,siRNA,慢病毒shRNA,microRNA 研究工具,以及對基因,microRNA 和 lncodeRNA 進行功能性篩選的全基因組文庫。同樣,在過表達研究應用中,Dharmacon 公司收集了齊全的商業化 cDNA 和 ORF 文庫。

    秀麗隱桿線蟲(Caenorhobditis elegans)是一種重要的生物學研究模式生物,在細胞凋亡和RNA干擾(RNAi)方面取得了突破性進展。

    文庫種類

    Dharmacon線蟲資源包括多個線蟲基因組文庫,包括ORF文庫、RNAi文庫、轉錄因子文庫和啟動子文庫等。除此之外,Dharmacon 針對Caenorhobditis elegans 研究領域提供了Zoonome siRNA 文庫。

    線蟲(Caenorhobditis elegans)基因cDNA&ORF文庫     

    (1)線蟲ORFs庫(C.elegans ORF Collection)

    秀麗隱桿線蟲ORF文庫是功能性秀麗線蟲蛋白質組基因文庫,它由一組預測的蛋白質編碼開放閱讀框(ORFs)組成,這些開放閱讀框已克隆Gateway-供體載體中。該線蟲ORF文庫可用于表達約11000種線蟲蛋白。通過高通量策略和大規模相互作用圖譜進一步研究線蟲蛋白表達,可深入了解線蟲的蛋白質功能。

    (2)線蟲RNAi文庫(C. elegans RNAi Collection)       

    源于秀麗線蟲ORFeome文庫v1.1,秀麗線蟲RNAi文庫提供了11000多個RNAi克隆,全面覆蓋篩選范圍。這些克隆被整合到pL4440-dest-RNAi目的載體中,以大腸桿菌飼養菌株 HT115(DE3)甘油菌形式保存。在RNAi 浸潤或注射,可以作為體外合成dsRNA的模板。

    (3)線蟲啟動子文庫(C. elegans Promoter Collection)

    該文庫包含6000多個秀麗隱桿線蟲基因的預測啟動子,這些基因已被克隆到Gateway重組載體中,從而構建啟動子融合結構。這種線蟲“啟動子組”的潛在應用包括構建啟動子-GFP融合體,用于獲得蛋白質表達圖譜和亞細胞定位,以及芯片和酵母單雜交分析。通過啟動子與線蟲ORF文庫結合,還可用于組織特異性RNAi、亞細胞蛋白定位和異位(ectopic)表達研究。

    (4)線蟲轉錄因子(C. elegans Transcription Factors)

    此文庫包含755個線蟲轉錄因子ORFs,約占全部預測的線蟲轉錄因子的80%,并已克隆到Gateway兼容的Y1H“獵物”載體pDEST-AD中,可用于酵母單雜交(Y1H)和雙雜交(Y2H)檢測.

    Zoonom siRNA (線蟲)

    Dharmacon可直接提供現有的線蟲Zoonome siRNA文庫產品,需要1000個基因的siRNA起訂,最小規格0.1nmol。客戶也可根據需求提供設計好的siRNA序列,Dharmacon提供定制合成服務,不限規格和基因數目。該文庫主要是siGENOME形式。siGENOME是在合理選擇沉默靶點的基礎上結合完善的熱力學分析,選擇最優特征的反義鏈,保證高效沉默。自從2004年面世以來,siGENOME已在全球市場經受了長時間的品質考驗。

     

    參考文獻:

    1.J. Reboul et al., C. elegans ORFeome version 1.1 experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics. 34 (May 2003).

    2.J. F. Rual et al., Toward Improving Caenorhabditis elegans Phenome Mapping With an ORFeome-Based RNAi Library. Genome Res. 14(10b),2162–2168 (2004).

    3.D. Dupuy et al., A First Version of the Caenorhabditis elegans Promoterome. Genome Res. 14, 2169-2175 (2004)

    4.Deplancke B et al., A gene-centered C. elegans protein-DNA interaction network.Cell. 125(6), 1193–1205 (2006).

    5.V. Vermeirssen et al., A C. elegans transcription factor array and Steiner Triple System-based smart pools: high-performance tools for transcription regulatory network mapping. Nature Methods. 4, 659–664 (2007).


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