這種方法最初是由Southern于1975年建立的。方法中DNA轉移的方式和復印的過程一樣，比較準確地保持了特異DNA順序在電泳圖譜中的位置，也可將變性的凝膠負壓干燥后與特定的DNA探針進行原位雜交。
它把電泳分離和雜交結合起來，不但能檢測出特異的DNA序列片段,而且能進行定位和測定分子量。即先以電泳后照相記錄的已知分子量的DNA片段(常用Hind Ⅲ 或EcoRⅠ 降解的λDNA)為標準，精確測量各標準片段與電泳原點之間的距離。
以DNA的Log10kb為縱坐標，移動距離(cm)為橫坐標，連接各已知條帶相應的點，得到一條標準曲線。然后測量未知條帶(放射自顯影后獲得的特異片段)的移動動距離,在標準曲線上找出相應的Log10kb值，以此計算出其分子量大小。