DNA微陣列技術的主要流程：
①芯片的制備：DNA芯片的制備方法有光引導原位合成法、化學噴射法、接觸式點涂法、原位DNA控制合成、非接觸微機械印刷法TOPSPOT和軟光刻復制等。已能將40萬種不同的DNA分子放在1 cm2的芯片上。
②樣品的制備：包括樣品DNA或RNA的分離提純和用PCR技術對靶基因片段擴增以及對靶基因標記。
③雜交反應：選擇合適的反應條件使生物分子間的反應處于最適反應條件。芯片雜交屬固-液相雜交，影響雜交的有諸多因素，其中包括：靶標濃度、探針濃度、雜交雙方的序列組成、鹽濃度、溫度及洗滌條件。
④芯片信號的檢測與分析：樣品中靶基因與固定在芯片上的探針發生特異性雜交而結合在芯片上的不同點，熒光素分子受特定波長的激發光照射出特定波長的熒光。通過特定的掃描儀獲取雜交后的信號，用于芯片掃描的芯片掃描儀有：激光共聚焦掃描芯片和CCD芯片掃描儀，得到的數據用一個專門處理系統來對其進行處理，包括芯片數據的統計分析和生物學分析、芯片數據庫積累和管理、芯片表達基因的國際互聯網上檢索和表達基因數據庫分析等。
DNA微陣列技術最突出的特點就是可一次性檢測多種樣品，獲得多種基因的差別表達圖譜，已成功地運用cDNA微陣列同時檢測l萬多個基因的表達。因此，DNA微陣列是對不同材料中的多個基因表達模式進行平行對比分析的一種高產出的、新的基因分析方法。與傳統研究基因差異表達的方法相比，它具有微型化、快速、準確、靈敏度高，以及在同一芯片上同時大信息量平行檢測的優勢。DNA微陣列技術在基因表達圖譜的繪制、尋找目的基因和功能基因等研究方面已取得了顯著的成績。但其不足之處在于所點樣的序列并不都是試驗需要檢測的，且試驗所需要的分析儀器比較復雜。另外，DNA微陣列技術在分析低豐度轉錄體方面比較有限，要確保某種低豐度轉錄體包含于DNA微陣列上，需挑選非常大量的克隆進行擴增點樣.