一、原理
瓊脂糖凝膠具有分子篩效應。在中性ppH值的電泳緩沖液體系中，DNA分子由于帶負電荷，所以在電場作用下由負極向正極泳動。由于DNA分子的大小和構型不同，在相同的時間內遷移至不同的位置。凝膠經溴化乙錠染色后，紫外檢測儀下觀察，即可看見DNA片段按大小不同呈條帶分布。由于在一定條件下，DNA的遷移率與分了量的對數值成反比，所以通過與已知分子量的標準DNA片段進行比較，即可知道未知DNA片段的大小。瓊脂糖凝膠電泳分析還可用于DNA酶切分析、純度鑒定、分離純化、Southern雜交等。
二、目的
了解pDNA瓊脂糖凝膠電泳原理與用途，掌握DNA瓊脂糖凝膠電泳的基本操作方法。
三、材料、試劑和器材
1、pDNA樣品。
2、瓊脂糖。
3、p10×TBE緩沖液：0.9M Tris-硼酸，0.02M EDTA(pH 8.0)。
4、溴化乙錠儲備液：p10mg/ml水溶液。
5、上樣緩沖液：p0.25%溴酚藍，40％（W/V）蔗糖水溶液。
6、標準pDNA分子。
7、電泳槽、電泳儀、紫外檢測儀、微量加樣槍、石蠟膜。
四、操作步驟
1、瓊脂糖凝膠液配制
稱取p1克瓊脂糖，置于干凈的三角瓶中，加入100ml 1×TBE緩沖液，在沸水浴或微波爐中加熱，使之徹底融化。之后，加入5ul EB儲備液混合（終濃度0.5pmg/ml），即制成1％的瓊脂糖溶液。
2、凝膠板模具的準備
將電泳裝置所配備的塑料盤兩端的開口用膠布或透明膠帶封住，或取一適當大小干凈干燥的長方形玻璃板，用膠布或透明膠帶封住邊緣，作成槽狀，水平地放在桌面上。在膠模的一端放上樣品梳，距底板p0.5-1mm，以便加入瓊脂糖后形成完好的加樣孔。
3、凝膠板的制備
將上述瓊脂糖溶液放在室溫下，待溫度下降至p60℃時，倒在凝膠板模具上，室溫放置0.5-1小時。待瓊脂糖徹底凝固后，輕輕拔出樣品梳，撕去凝膠板模具兩端（或四周）的膠帶。
4、加樣
將凝膠連同塑料盤或玻璃板一起放置到電泳槽中，加入p1×TBE緩沖液，使緩沖液淹過凝膠表面約1mm。再于電泳緩沖液中加入一定量的EB儲備液混勻（終濃度為0.5pmg/ml）。用微量加樣品吸取0.5-1ppmg
DNA樣品，按一定比例（體積/體積）加入上樣緩沖液（上樣緩液：DNA樣品＝1：5）。混合后吸取10－20pml小心地加到凝膠板上的加樣孔中。按同樣的方法在附近的加樣孔中加入已知分子量的標準DNA，作為參照。
5、電泳與觀察
加樣的一端接負極，另一端接正極。以p5V/cm電壓電泳2－3小時。當指示劑泳動到距凝膠前沿約1厘米的位置時，停止電泳。帶上手套將凝膠板取出，直接置于紫外分析儀下觀察和照相。在凝膠板上DNA按大小聚集成狹窄的譜帶，并顯示橙黃色熒光。通過與標準DNA比較即可估計待測DNA分子量的大小。
植物總pDNA呈現一條遷移率很小的，整齊的譜帶，質粒DNA呈現三條不同構型的條帶。溴酚蘭帶前出現彌散熒光，說明DNA樣品中存在RNA雜質。