1. 用蒸餾水將制膠模具和梳子沖洗干凈，放在制膠平板上，封閉模具邊緣，架好梳子；
2. 根據欲分離 DNA 片段大小用凝膠緩沖液配制適宜濃度的瓊脂糖凝膠：準確稱量瓊脂糖干粉，加入到配膠用的三角燒瓶內，定量加入電泳緩沖液（一般20~30 ml） ；
3. 放入到微波爐內加熱熔化。冷卻片刻，加入一滴熒光染料，輕輕旋轉以充分 混勻凝膠溶液，倒入電泳槽中，待其凝固；
4. 室溫下 30~ 45 分鐘后凝膠完全凝結， 小心拔出梳子， 將凝膠安放在電泳內槽；
5. 向電泳槽中倒入電泳緩沖液，其量以沒過膠面 1mm 為宜，如樣品孔內有氣 泡，應設法除去；
6. 在 DNA 樣品中加入 10×體積的載樣緩沖液（loading buffer） ，混勻后，用槍 將樣品混合液緩慢加入被浸沒的凝膠加樣孔內；
7. 接通電源，紅色為正極，黑色為負極，切記DNA 樣品由負極往正極泳動 ( 靠近加樣孔的一端為負) 。一般 60～100V 電壓，電泳 20～40min 即可；
8. 根據指示劑泳動的位置，判斷是否終止電泳；
9. 電泳完畢，關上電源，在凝膠成像儀上觀察電泳帶及其位置，并與核酸分子 量標準 Marker 比較被擴增產物的大小。
瓊脂糖凝膠濃度與線形 DNA的最佳分辨范圍
| 瓊脂糖凝膠濃度 | 線形 DNA的最佳分辨范圍（bp） |
|---|---|
| 0.5% | 1,000～30,000 |
| 0.7% | 800～12,000 |
| 1.0% | 500～10,000 |
| 1.2% | 400～7,000 |
| 1.5% | 200～3,000 |
| 2.0% | 50～2,000 |