DNA甲基化反應分為2種類型。
一種是2條鏈均未甲基化的DNA被甲基化，稱為從頭甲基化（denovo methylation）；
另一種是雙鏈DNA的其中一條鏈已存在甲基化，另一條未甲基化的鏈被甲基化，這種類型稱為保留甲基化（maintenance methylation）。
