（1）激光和電灼療法：適用于多數的臨床情況，具有準確定位，對周圍正常組織損傷小，缺點：治療深度需要熟練的操作者控制，傷口深愈合慢，尤其在外生殖器部位，傷口易出血和感染，容易出煙霧引起空氣污染和醫源性感染，所以需要嚴格的個人防護。所以對于疣體之間距離比較近、數量非常多，巨大疣體等不太適用。
（2）：微波治療：也適用于多數的臨床情況，具有準確定位，對周圍正常組織損傷小，不出血和復發率低，無煙霧，無空氣污染。缺點：治療深度需要熟練的操作者控制，傷口需預防感染。巨大疣體不太適用。
（3）冷凍：適用于單發、小的病損、扁平型的臨床類型，缺點：易復發，有時在病灶周圍形成自體種植。
（4）光動力療法：更適用于粘膜、皮膚組織薄嫩處如尿道口、陰道壁、外陰等，優點是安全、有效、復發率低（可清除亞臨床感染）、無疼痛或輕微患者耐受性好。
（5) 藥物療法：足葉草脂等具有一定腐蝕性，需要保護好周圍正常組織，否則易形成周圍正常組織的種植。不太適合粘膜疣的應用。生殖器疣不好辨認的，不宜患者自行用藥。 咪喹莫特霜為外用免疫調節劑，優點是腐蝕性不大，患者自行用藥，方便，缺點：需要至少4-16周的用藥，太費時間，有一定的刺激性，也可以出現皮膚的淺糜爛面，對于大的疣體不建議單獨依靠此藥治療。