要正確診斷MALT淋巴瘤,血液病理學專家要根據特征的小淋巴細胞浸潤,該小淋巴細胞為單克隆B細胞而且CD5陰性。在某些病例,可以轉變為彌漫大B細胞淋巴瘤,兩者診斷都需要做活檢。鑒別診斷包括良性結外器官淋巴細胞浸潤和其他小細胞B細胞淋巴瘤。