根據構成融合基因的種類，可以將融合基因分為四大類：
（1）由報告基因和功能基因構成的融合基因。常用的報告基因有：GFP（綠色熒光蛋白）基因、GUS基因、LacZ基因和Luciferasese（蟲熒光素酶）基因等，主要目的是對功能基因進行示蹤，研究其功能及特性。
（2）由信號肽或單體蛋白的序列與功能基因構成的融合基因。其主要目的是利用信號肽或單體序列攜帶目的基因高效表達，從而提取純化目的蛋白，為生產或科研所用。
（3）功能基因與功能基因的融合。 可分為兩類：A相同功能基因的融合，目的是增強基因的功能，擴大基因的應用范圍，如殺蟲基因之間的融合。B．不同功能基因的融合，為特殊需要而構建，如生產無毒疫苗等。
（4）報告基因與抗藥性基因的融合用于構建融合載體，以利于插入大片段的cDNA或作為雙功能標記.