正向引物和反向引物是相對的，通常以一個雙鏈DNA（上面的那條鏈）的上游結合部位稱為正向引物，是從左到右的方向，也就是5-3的方向，而下面那條互補鏈的下游結合部位稱為反向引物。
其方向是從右到左的，因為下面的鏈的方面從左到右是3-5，從右到左就是5-3了，PCR的擴增的確是一條引物就可以擴增了。
反向引物的存在可以結合互補鏈，使互補鏈的擴增方向也是5-3，這樣一次就是兩條鏈同時擴增，循環一次就是4條鏈同時擴增再循環一次就是8條鏈同時擴增，這樣才是所謂的幾何級數擴增。
正向合成時延伸到反向引物結合位點時就會停止，同理反向引物也是。
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