PCR的引物

　　 特異性的引物決定了所擴增的DNA片段，引物（primer）本質上是人工合成的小片段寡聚核苷酸片段，一般不超過50個堿基（通常18－25個），它們與所要擴增的DNA片段的正鏈與負鏈的末端完全互補。在“退火”時引物結合于DNA模板的起始和終止點，DNA聚合酶結合到這兩個位置，開始合成新的DNA鏈。

　　 選擇引物的長度和融解溫度（ ）要考慮許多條件。引物的融解溫度與聚合酶鏈式反應第一步中DNA的變性溫度不同，是指50％的引物與模板結合時的溫度，高于這個溫度的引物與模板就不能有效結合。這個溫度隨著引物長度的增加而升高。如果引物長度太短，就有可能與DNA模板的幾個位置結合，造成非特異性復制。另一方面，引物長度也受限于 。如果 太高，即高于80℃，也會導致問題，因為DNA聚合酶在此溫度下活性較低。引物最優長度通常為20到40個堿基，融解溫度從60℃到75℃。

　　 有時也用到簡并引物，是一些相似但不相同的引物的混合物。通常用于從不同的生物DNA中擴增相同的基因，因為這些基因通常都是近似但不相同的。應用簡并引物的另一種情況是根據蛋白質序列設計引物時，由于密碼子的簡并性，通常難以判斷在DNA中究竟是哪個密碼子編碼的這個氨酸。例如編碼異亮氨酸的引物可能使用"ATH"，A是腺嘌呤，T是胸腺嘧啶，H可能是腺嘌呤，胸腺嘧啶或者胞嘧啶。使用簡并引物在很大程度上降低了聚合酶鏈式反應擴增等特異性，這個問題可以使用遞減PCR（touchdown PCR）部分地解決[1]。