運用 PCR 技術、基因克隆和亞克隆比傳統的方法具有更大的優點。由于 PCR 可以對單拷貝的基因放大上百萬倍,產生微克(μg)級的特異 DNA 片段,從而可省略從基因組 DNA 中克隆某一特定基因片段所需要的 DNA的酶切、連接到載體 DNA 上、轉化、建立 DNA 文庫及基因的篩選、鑒定、亞克隆等煩瑣的實驗步驟。
只要知道目的基因的兩側序列,通過一對和模板 DNA 互補的引物,可以有效地從基因組 DNA 中、mRNA 序列中或已克隆到某一載體上的基因片段中擴增出所需的 DNA 序列。與傳統的 DNA 克隆方法相比,采用 PCR的 DNA 克隆方法省時省力,但它需要知道目的基因兩側序列的信息。