與常規的基因克隆方法相比，PCR的優點是快速，簡單，但是用PCR克隆目的基因的限制是必須知道側接靶序列的核苷酸序列，以制備引物。因而該法具有很大的局限性。
可直接利用具有平端的PCR產物進行克隆，但利用合適的引物，在待克隆的目的基因二側引入不同的限制性酶切點，則可將擴增之后的目的基因定向克隆到載體中，避免載體的自身環化，提高克隆效率。
