【材料】
1. 試劑和溶液
(1)10 × PCR緩沖液
500 mM 氯化鉀
100 mM Tris-Cl (室溫時pH 8.3)
15 mM 氯化鎂
(2)10 mM脫氧三磷酸核苷(dNTPs) 溶液-含有所有四種dNTPs(pH 8.0)
(3)耐熱的DNA 聚合酶:
① Taq DNA 聚合酶是從表達克隆嗜熱水生菌的DNA 聚合酶基因的大腸桿菌提純而來。此酶有5’→3’ DNA聚合酶和5’→3’外切酶活性,但是缺乏3’→5’ 外切酶活性。此酶由分子量約為94 千道爾頓的多肽組成。Taq DNA聚合酶對熱穩定,能在較高的溫度下利用引物將單鏈模板合成為DNA。 催化一典型的PCR所需酶量約為2單位。加酶量過多則有可能導致非靶序列的擴增。
Taq DNA 聚合酶缺乏校正功能,在PCR過程中核苷酸摻入錯誤率可達每循環2 × 10-4個核苷酸,約比使用大腸桿菌DNA聚合酶 I 的Klenow片段時高4倍。對于一個30輪循環的擴增反應來說,這一摻入錯誤率將導致0.25%的總錯誤頻率。這一頻率似隨和濃度的升高而增大。這些錯誤的摻入可以發生在擴增產物的任何位置,既有顛換也有轉換(但并無長的缺失、嵌合或插入)。
單位的定義:一單位是指于74oC將l0 nmol的脫氧核糖核苷酸30分鐘內摻入到酸性沉淀的物質中。其實驗條件是:25 mM TAPS (pH9.3), 50 mM 氯化鉀, 2 mM 氯化鎂, 1 mM DTT, 0.5 mg/ml 有活性的鮭魚精液DNA, 0.2 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP。
② rTth DNA聚合酶是Thermus thermophilus(Tth)和Thermococcus litoralis(Tli)兩種菌中耐熱DNA聚合酶的混合。這種混合酶特別具有5’→3’DNA 聚合酶和3’→5’外切酶(校正)的雙重活性。當按推薦量使用時,此酶可提高保真度及長鏈PCR的產量。
常規PCR擴增靶DNA序列一般在5 kb以內。而rTth DNA 聚合酶可從人類基因組DNA中擴增至19.6 kb的β-球蛋白基因群和噬菌體λDNA的42 kb的片段。
(4)瓊脂糖凝膠
(5)10 μM的上游和下游引物
(6)DNA模板
(7)對照DNA(含有靶序列的DNA)
(8)DNA長度標準參照物
2. 設備
(1)0.2 ml PCR擴增管
(2)可預先設定擴增方案的溫度循環器(PCR儀)