僅僅是擴增的方法不同而已,一個是普通的PCR,一個是RTPCR.
如果需要鑒定染色體的DNA序列有無差別或基因突變,可以用PCR-SSCP,我曾做過這方面的實驗,檢測病人有無基因的點突變,同時擴增病人和正常人的基因片段,然后做sscp,只要有一個核苷酸的區別,變性SDS-PAGE后,條帶就會有很大的區別.
而RTPCR-SSCP 檢測的是cDNA片段有無區別的實驗。
需要注意的是SSCP技術通常用到銀染顯色，silver staining 非常敏感 ，實驗時對水的要求很高，否則膠的背景很暗，結果不明顯，同時，實驗過程中務必戴上干凈的手套后，才能接觸膠，否則會有你的明顯的銀染指紋。
有時候,限制性酶切分析(RFLP,restriction enzyme length polymorphism)可替代SSCP進行檢測基因的差異
當然,最后都要以來測序sequencing來確定序列.
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