圖3 肽段SNWEAGNTFTCSVLHEGLHNHHTEK的脫酰胺鑒定及定量
圖4 在PepFinder2.0中對所有肽段進行De Novo Sequencing
圖5 對一張MS/MS譜圖進行De Novo Sequencing
圖6 在PepFinder軟件中計算單克隆抗體各種常用分子量
圖7 PepFinder軟件預測的二級譜圖與實測二級譜圖的對比。上，預測二級譜圖；下，實測二級譜圖。
4結論
在本文中，我們展示了PepFinder軟件對單克隆抗體進行常規肽圖分析的各種應用。結果表明，使用PepFinder軟件可以簡便快捷的得到序列覆蓋度分析的結果，并且可以對脫酰胺等生物醫藥質控中重要的翻譯后修飾進行鑒定以及定量。PepFinder獨具的單克隆抗體分子量計算功能及二級譜圖智能預測功能大大減少了分析人員花費在數據處理上的時間；在PepFinder2.0版本中，新增的De Novo Sequencing功能和mgf格式文件、pinpoint txt文件輸出功能幫助分析人員對數據進行不同平臺上的深入挖掘。通過生成快速、全面的肽段表征及自動化的修飾位點總結報告， PepFinder 軟件能夠大幅減少生物產品詳細表征所需的時間和精力。
參考文獻
1. Z. Zhang, Automated Precursor Ion Exclusion During LC/MS/MS Data Acquisition for Optimal Ion Identification, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23(8), 1400-1407.
2. Z. Zhang, Large-scale Identification and Quantification of Covalent Modifications in Therapeutic Proteins. Anal. Chem. 2009, 81(20),8354-8364.
3. Z. Zhang and J. S. Mcelvain, Optimizing spectroscopic signal-to-noise ratio in analysis of data collected by a chromatographic /spectroscopic system, Anal. Chem. 1999, 71(1),39-45.
4. Z. Zhang and A. G. Marshall, A universal algorithm for fast and automated charge state deconvolution of electrospray-to-charge ratio spectra, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 225-233.
5. Z. Zhang, Retention time alignment of LC/MS data by a divide-and-conquer algorithm, J. Am.Soc. Mass Spectrom. 2012, 23(4), 764-772.
6. SC. Kim, Y. Chen, S. Mirza, et.al. A clean, more efficient method for in-solution digestion of protein mixtures without detergent or urea. J Proteome Res. 2006 Dec;5(12):3446-52.