1、將制膠用具用70%乙醇沖洗一遍，晾干備用。
2、制膠：稱取0.5g瓊脂糖粉末，加入放有36.5mL的DEPC水（蒸餾水40ml）的錐形瓶中，加熱使瓊脂糖完全溶解。稍冷（60~70°）卻后加入5ml的10x電泳緩沖液、8.5（9）ml的甲醛（+0.5μl溴化乙錠）。然后在膠槽中灌制凝膠，插好梳子，水平放置待凝固后使用。
3、加樣：在一個潔凈的小離心管（DEPC處理過的500μl的）中混合以下試劑：電泳緩沖液（10x）2μl、甲醛3.5ml、甲酰胺10ml（μl）、RNA樣品3.5（4.5）μl。混勻，置60℃保溫10min，冰上速冷。加入3μl的上樣緩沖液（染料）混勻，取適量加樣于凝膠點樣孔內。同時點RNA標準樣品。
4、電泳：打開電泳儀(電泳槽內加入1XMOPS緩沖液)，穩壓7.5V/cm（ml）電泳。
5、電泳結束后通過紫外透視儀觀察。