Napoli等將1個查爾酮合成酶基因（chs）置于1個強啟動子后導人矮牽牛（Petunia hybrida），試圖加深花朵的紫顏色。結果部分花的顏色并非期待中的深紫色，而是形成了花斑狀甚至白色，而且這種性狀可以遺傳。因為導入的基因和其同源的內源基因同時都被抑制，他們將這種現象命名為共抑制（co-suppression）。類似的結果同樣在真菌脈胞菌（Neurospora crassa）中和其它轉基因植物中存在。對于部分轉基因植物來說，基因沉默可能是因為特異基因的甲基化而導致，這被稱為轉錄水平基因沉默。但確實部分植物中的基因沉默是在轉錄后發生的，這被稱為轉錄后基因沉默。實驗表明在發生PTGS的個體中同源轉錄確實存在，但是很快在胞漿中被降解，沒有積聚。Palauqui等進一步證實，在植物中將出現轉基因沉默的植株嫁接到另一沒有基因沉默的轉基因植株中同樣可以導致PTGS，但對非轉基因植株卻無效。Cogoni等證實PTGS由一種可擴散的反式作用分子所介導。